ينتمي ماربوفلوكساسين إلى فئة مبيدات الفطريات، ويعتمد نشاطه المبيد للجراثيم على التركيز. يمكن أن تموت البكتيريا الحساسة خلال 20-30 يومًا بعد التعرض لها. مثل أدوية الفلوروكينولونات الأخرى، أظهر ماربوفلوكساسين تأثيرات ملحوظة بعد المضادات الحيوية على كل من البكتيريا سالبة الجرام والإيجابية، مع نشاط خلال مرحلتي الاستقرار والنمو للتكاثر البكتيري. آلية عمله ليست مفهومة تمامًا، ولكن يُعتقد أنه يمكن أن يعمل عن طريق تثبيط إنزيمات الأكسدة الحلقية للحمض النووي البكتيري (النوع الثاني من التوبويزوميراز)، مما يمنع تكوين حلزونات الحمض النووي الفائقة وتوليف الحمض النووي.
ماربوفلوكساسين وأدوية الفلوروكينولون البيطرية الأخرى لها خصائص نشاط مضادة للجراثيم مماثلة. هذه الأدوية لها نشاط جيد ضد معظم البكتيريا سالبة الجرام والمكورات، بما في ذلك معظم أنواع وسلالات Pseudomonas aeruginosa، Klebsiella pneumoniae، Escherichia coli، Enterococcus، Campylobacter، Shigella، Salmonella، Aeromonas، Haemophilus، Proteus، Yersinia، Vibrio، إلخ. تشمل البكتيريا الحساسة البروسيلا، والكلاميديا الحثرية، والمكورات العنقودية (بما في ذلك البكتيريا المنتجة للبنسليناز والبكتيريا المقاومة للميثيسيلين)، والكلاميديا، والمتفطرة. تمتلك أدوية الفلوروكينولون نشاطًا متفاوتًا ضد معظم أنواع المكورات العقدية، ولا يُنصح بها بشكل عام لعلاج هذه العدوى البكتيرية. هذه الأدوية لها نشاط ضعيف ضد معظم البكتيريا اللاهوائية ولا يمكنها علاج الالتهابات البكتيرية اللاهوائية بشكل فعال. بسبب الطفرات، ظهرت سلالات مقاومة للأدوية، وخاصة الزائفة، والكلبسيلة الرئوية، والراكدة، والمكورات المعوية، ولكن يعتقد بشكل عام أن المقاومة بوساطة البلازميد نادرا ما تحدث